Столкнулся с проблемой, после переноса сайта перестала работать HTTP авторизация написанная на php, не берусь судить зачем и почему ее вообще применять – не понимаю я этого. Копание в логах толку не дало, подсознательно я понимал что проблема где то на поверхности и связана с инициализацией переменных. В итоге нашел причину, оказалось все проще чем я думал
Так как на сервере стоял php-54, а в нем не работает уже register_globals, и все сайты работают в режиме php-cgi, выяснилось что “HTTP-Аутентификация в PHP возможна только в том случае, когда он выполняется как модуль веб-сервера Apache, и, соответственно, недоступна для CGI-версии”
Переключил apache2 для этого домена что бы работал в режиме mod_php и все сразу стало на место.