Обнаружил периодически ошибку 500 на сервере, глянул в error_log домена, а там вот такие записи иногда:
День: 07.11.2014
mod_fcgid: read data timeout in 31 secondsmod_fcgid: read data timeout in 31 seconds
Переносил домен на ВПС клиенту, натунулся на ошибку в логах: